Kehilangan orang yang dicintai sangatlah menyakitkan sehingga terkadang seseorang ingin dapat menghidupkannya kembali—sebuah kelemahan yang dieksploitasi oleh Millennium Earl yang penuh teka-teki. Untuk membuat senjata mekanisnya dikenal sebagai "Akuma," dia menggunakan jiwa orang mati yang dipanggil kembali. Begitu jiwa ditempatkan di Akuma, ia akan terjebak selamanya, dan satu-satunya cara untuk menyelamatkan mereka adalah dengan mengusir mereka dari wadahnya menggunakan senjata Anti-Akuma, "Innocence."
Setelah menghabiskan tiga tahun sebagai murid General Cross, Allen Walker dikirim ke Black Order—sebuah organisasi yang terdiri dari mereka yang bersedia melawan Akuma dan Millennium Earl—untuk menjadi Exorcist resmi. Dengan tangan sebagai Innocence-nya dan mata terkutuk yang dapat melihat jiwa-jiwa yang menderita di dalam Akuma, Allen dan rekan-rekan Exorcist-nya harus menghentikan rencana akhir Millennium Earl: rencana yang dapat mengarah pada kehancuran dunia.
