Pemalu, pendiam, dan bertubuh kecil, siswa SMA Deimon Sena Kobayakawa adalah target sempurna bagi para penindas. Namun, karena menjalankan tugas sepanjang hidupnya, Sena menjadi gesit dan mengembangkan keterampilan menghindari kerumunan orang. Setelah Youichi Hiruma yang licik—kapten tim sepak bola Deimon Devil Bats—menyaksikan gerak cepat Sena, dia memaksa bocah pemalu itu untuk bergabung dengan pasukannya.
Karena Hiruma ingin menyembunyikan identitas Sena dari klub lain, Sena terpaksa bersembunyi di balik helm "Eyeshield 21," seorang running back misterius yang mengenakan nomor punggung 21. Eyeshield 21 yang legendaris konon dapat berlari dengan kecepatan cahaya dan telah mencapai prestasi luar biasa di Amerika Serikat selama berada di Notre Dame College.
Terbiasa menghindari masalahnya di masa lalu, keahlian khusus Sena mungkin bisa membantunya menjadi senjata rahasia baru dari Kelelawar Iblis Deimon. Saat dia berinteraksi dengan rekan satu timnya, Sena secara bertahap mendapatkan lebih banyak kepercayaan diri dan menjalin ikatan yang berharga di sepanjang jalan.
