Edo adalah kota yang menjadi rumah bagi semangat dan ambisi samurai di seluruh negeri. Namun, setelah Jepang feodal menyerah kepada alien kuat yang dikenal sebagai "Amanto," aspirasi tersebut kini tampaknya tidak dapat dicapai. Dengan dibangunnya kembali keshogunan yang dulunya berpengaruh sebagai pemerintahan boneka, undang-undang baru disahkan yang melarang semua penggunaan pedang di depan umum.
Masukkan Gintoki Sakata, seorang pria eksentrik berambut perak yang selalu membawa pedang kayu dan mempertahankan statusnya sebagai seorang samurai meskipun ada larangan. Sebagai pendiri Yorozuya, sebuah usaha kecil-kecilan untuk pekerjaan serabutan, Gintoki sering melakukan upaya untuk membantu orang lain—meskipun biasanya dengan cara yang agak aneh dan tidak terduga.
Dibantu oleh Shinpachi Shimura, seorang anak laki-laki berkacamata yang konon sedang mempelajari jalan samurai; Kagura, gadis tomboy dengan kekuatan super dan nafsu makan yang tak ada habisnya; dan Sadaharu, anjing peliharaan raksasa mereka yang suka menggigit kepala orang, suku Yorozuya menghadapi apa pun mulai dari keluarga kerajaan asing hingga perkelahian dengan geng lokal di dunia Edo yang selalu berubah.
