Setelah jeda satu tahun, Shinpachi Shimura kembali ke Edo, hanya untuk menemukan kejutan yang mengejutkan: Gintoki dan Kagura, sesama anggota Yorozuya, telah menjadi karakter yang sangat berbeda! Kabur dari markas Yorozuya dalam kebingungan, Shinpachi menemukan bahwa semua penghuni Edo telah mengalami perubahan ekstrem yang luar biasa, baik dalam penampilan maupun kepribadian. Yang paling luar biasa, saudara perempuannya, Otae, telah menikah dengan kepala Shinsengumi dan penguntit yang tidak tahu malu, Isao Kondou, dan sedang mengandung anak pertama mereka.
Bingung, Shinpachi setuju untuk bergabung dengan Shinsengumi atas permintaan Otae dan Kondou dan menemukan transformasi yang lebih mengejutkan terjadi baik di dalam maupun di luar jajaran organisasi. Namun, mengetahui bahwa Wakil Kepala Toushirou Hijikata tetap tidak berubah, Shinpachi dan sekutunya yang tidak terduga, Shinsengumi, berangkat untuk mengembalikan kota Edo seperti yang mereka ingat.
Dengan lebih banyak lelucon kotor, parodi yang tidak masuk akal, dan referensi yang tidak tahu malu, Gintama' mengikuti tim Yorozuya melalui lebih banyak kesialan mereka di dunia Edo yang dinamis dan dipenuhi alien.
