Manusia dan iblis adalah dua sisi mata uang yang sama, begitu pula Assiah dan Gehenna, dunianya masing-masing. Satu-satunya cara untuk melakukan perjalanan antar alam adalah melalui kerasukan, seperti dalam cerita hantu. Namun, Setan, penguasa Gehenna, tidak dapat menemukan hosti yang cocok untuk dimiliki dan karena itu, tetap terpenjara di dunianya. Dalam upaya putus asa untuk menaklukkan Assiah, dia malah mengirim putranya, dengan tujuan agar dia pada akhirnya tumbuh menjadi wadah yang mampu dimiliki oleh raja iblis.
Ao no Exorcist mengikuti Rin Okumura yang tampak seperti remaja biasa dan agak merepotkan—sampai suatu hari dia disergap oleh setan. Dunianya terbalik ketika dia mengetahui bahwa dia sebenarnya adalah putra Setan dan ayah iblisnya ingin dia kembali sehingga mereka dapat menaklukkan Assiah bersama-sama. Tak ingin bergabung dengan raja Gehenna, Rin memutuskan untuk mulai berlatih menjadi pengusir setan agar bisa bertarung membela Assiah bersama saudaranya Yukio.
